文章-世纪中文出版社

阿娜尔王铁娟员艳丽《生物技术研究》 2018年12期

摘要:

利用转录组数据开发白沙蒿的SSR分子标记,探索其分布特点并对SSR引物进行有效性检测。[方法]以9个不同样品白沙蒿转录组数据为基础,利用MISA软件对1kb以上的Unigenes进行筛选;把重复序列单元相同、重复次数存在差异、侧翼序列长度完全相同的SSR位点作为引物合成的标准,采用PCR技术和聚丙烯酰胺凝胶电泳技术对其有效性进行初步验证。[结果]在20 149条Unigenes中共检测出5 692个SSR位点,发生频率为22.95%,平均每隔6.66 kb出现1个位点。优势重复单元单、三、二核苷酸分别占总SSR位点的52.09%、28.30%和17.38%。经过验证筛选出具有多态性且扩增条带清晰的引物18对。[结论]印证了利用白沙蒿转录组测序产生的Unigene信息可作为开发SSR标记的有效来源,且开发的有效SSR引物可用于后续群体的相关研究中。

转录组测序及其在甜菜功能基因挖掘中的应用下载：36 浏览：478

张自强白晨张惠忠李晓东付增娟赵尚敏鄂圆圆张辉王良张必周《农业学报》 2018年11期

摘要:

由于转录组测序技术具有检测费用低、检测通量高、不受遗传背景影响等优势,使其成为当前挖掘基因的主要手段之一。文章首先介绍了转录组测序技术的基本情况,接着阐述了该技术在甜菜功能基因研究方面的进展,文章最后展望转录组测序技术在甜菜基因挖掘中的应用前景。通过转录组测序可以构建甜菜丰富的基因表达数据库,尤其是挖掘与甜菜产量、含糖量调控、抗逆性相关的基因资源,为后续基因克隆、分子标记辅助育种以及转基因育种等提供理论支持与基因资源。

大黄鱼生长速率差异个体肌肉组织的转录组比较分析下载：76 浏览：498

张波姜丹张东玲王志勇方铭《水产研究进展》 2023年6期

摘要:

为了探究大黄鱼生长性状的分子调控机制，实验从同一个网箱内养殖的大黄鱼中选取生长速率较快的体重均值为（527.1±83.6） g的个体182尾、生长速率较慢的体重均值为（238.4±52.3） g的个体230尾，共412尾进行研究。对其肌肉组织进行总RNA提取和转录组测序，并对2组进行基因差异表达分析。以Padj <0.05、abs[log2（FoldChange）]> 1为标准，共筛选到227个差异表达基因，包括125个上调基因、102个下调基因。差异表达基因在NCBI-nr和Uniprot（Swiss-Prot）数据库的注释率分别为99.12%、81.94%。通过差异表达基因的功能注释结果，初步筛选出了可能与肌肉生长相关的候选功能基因，如gdf9、ckm、tnni2和des等。GO和KEGG分析预测出部分与肌肉生长相关的信息，如GOterm有肌动蛋白丝组织、肌动蛋白细胞骨架组织、肌动蛋白丝基过程、微管组织中心和发育生长等，KEGG通路有细胞和生长因子、脂肪酸生物合成、转化生长因子-β信号通路（TGF-β信号通路）、胰岛素信号通路和肌动蛋白细胞骨架的调控等。加权基因共表达网络分析（WGCNA）分析发现，purple模块与体重性状相关性较强，其核心基因myoz1、tpm1和tnni2可能与肌肉生长相关。本研究结果可以为后续相关基因功能的深度挖掘验证以及大黄鱼生长性状的分子调控机制解析提供参考。

基于两种对虾参考基因组的中国明对虾性别分化区域初步探查下载：70 浏览：469

王琼1，2 李健1，2 何玉英1，2 《水产研究进展》 2023年6期

摘要:

中国明对虾是我国最重要的养殖虾类之一。性成熟后的中国明对虾在生长和体色上表现出性别二态性。为了探查基因组上潜在的性别分化相关区域，对中国明对虾进行了全基因组重测序研究。分别使用中国明对虾基因组和其近缘物种凡纳滨对虾的基因组作为参考基因组，计算了雌雄中国明对虾之间的遗传分化指数Fst，以筛查基因组上的性别分化相关区域。当使用中国明对虾参考基因组时，有约89%的中国明对虾测序读段全部或部分比对到中国明对虾参考基因，覆盖度大约为84%。基因组上Fst出现较多杂乱的峰，其中LG5的Fst值整体呈升高的趋势，另外LG13、LG17及LG35均有Fst指数相对较高的区域。而当使用凡纳滨对虾参考基因组时，有约60%的中国明对虾测序读段全部或部分比对到凡纳滨对虾参考基因，覆盖度约为52%。Scaffold2550和Scaffold3683上分别有2个最显著的峰。将雌雄中国明对虾转录组测序数据与凡纳滨对虾的参考基因组比对后，获得了中国明对虾的粗略表达谱，挖掘出了丰富的差异表达基因。分析了前述2个Scaffold上的基因表达情况。在Scaffold2550上，有2个肌肉中的差异表达基因，有3个性腺中的差异表达基因；在Scaffold3683上，有4个性腺中的差异表达基因，全部都是雄性高表达，且都位于Fst峰值区域，其中2个基因编码外周型苯二氮卓受体相关蛋白1（peripheral-type benzodiazepine receptor-associated protein 1），参与类固醇激素生物合成，推测这两个雄性高表达基因参与了雄虾的性别特异性生理机制，与雄性生殖功能相关，在性别分化过程中发挥一定作用。本研究初步筛选到了与中国明对虾性别分化相关的区域和基因，为中国明对虾性别二态性的进一步研究提供了依据。

基于转录组测序的花斑裸鲤SSR、SNP和InDel位点特征分析下载：29 浏览：263

贺彩霞1 李长忠1 金文杰1 保长虹1 简生龙2 李昭楠1 王丽楠1 严青春1 王振吉2 王国杰2 陈艳霞1 《中国水产学报》 2024年2期

摘要:

为利用分子标记规模化开发与辅助花斑裸鲤（Gymnocypris eckloni）良种选育，以花斑裸鲤（2+龄）的鳃、肾脏和肝脏组织为材料，经总RNA提取和cDNA文库构建后采用Illumina Novaseq 2000平台进行转录组测序，并采用MISA和GATK3软件分析转录组的SSR、SNP和插入缺失标记（InDel）位点特征。结果表明：在486 221条Unigenes序列中共发现了128 727个SSR,出现频率为26.47%,平均每3.76 kb出现1个SSR;花斑裸鲤SSR包括6个重复类型，以单碱基和二碱基重复基元类型为主，分别占总SSR位点数的46.53%和42.45%,重复基元类型共77种，其中，A/T和AC/GT两种基元的出现频率最高，是花斑裸鲤SSR的优势重复基元；所有重复次数中出现次数最多的为5～15次，占所有SSR位点的87.52%;通过GATK3软件搜索得到399 080个SNP位点，转换类型多于颠换类型，分别占总SNP的56.29%和43.71%,转换类型中A/G发生频率略高于C/T,而颠换类型中A/T发生频率最高，C/G发生频率最低；InDel分析显示，从花斑裸鲤转录组Unigenes中共筛选出254 065个InDel位点，平均每1 903 bp出现1个InDel位点，且SNP位点和InDel位点均以含1个位点的Unigenes数最多。研究表明，花斑裸鲤转录组中SSR、SNP和InDel位点非常丰富，这些位点对花斑裸鲤种质资源鉴定、种群遗传学研究及保护管理具有重要价值。

高温胁迫下黑龙江茴鱼幼鱼肝脏组织结构变化及转录组表达特征下载：37 浏览：282

丰超杰1,2 刘霞飞2,3 张颖2 吕伟华2 韩世成2 张永泉2 许式见4 马波2 《中国水产学报》 2023年6期

摘要:

为探究急性高温胁迫下黑龙江茴鱼(Thymallus arcticus grubei)的响应调控机制，采用组织病理学和高通量测序技术(RNA-Seq)分析了高温组(17℃)和对照组(11℃)随胁迫时间(1、6、12、24、48h)的延长，黑龙江茴鱼幼鱼(体质量为1.73g±0.23g)肝脏组织结构变化及转录组表达特征。结果表明：17℃高温下，随胁迫时间的延长，黑龙江茴鱼幼鱼肝脏组织结构出现明显的病理损伤，于胁迫12h后肝脏组织出现不同程度的核萎缩变形及空泡化现象，且在胁迫48h时肝脏细胞损伤最为严重，甚至出现细胞溶解现象；转录组测序共获得214.44 Gbp有效数据，平均GC含量为49.45%,Q30碱基分布为93.48%～96.06%;筛选到差异基因(DEGs)数共9 144个，且DEGs数量随胁迫时间的延长呈先升高后降低的趋势，在胁迫24h时差异基因数量最多，有7 148个，其中3 653个上调，3 495个下调；进一步将差异基因进行GO功能注释显示，被注释的差异基因主要与代谢、催化和结合等功能有关；KEGG富集分析显示，差异基因在糖酵解/糖异生、乙醛酸与二羧酸代谢、果糖与甘露糖代谢、内质网中的蛋白加工、核糖体及PPAR信号等通路上显著富集；随机选择6个DEGs进行实时荧光定量PCR验证，基因表达变化趋势与转录组数据一致。研究表明，在急性高温胁迫下，黑龙江茴鱼幼鱼肝脏组织在12h后出现不同程度的应激损伤，通过转录组表达分析发现，差异基因主要富集在免疫应激和能量代谢等相关通路上。

两种单色鲤皮肤转录组特征分析下载：49 浏览：297

史东杰1,2 张强3 伍仕弘4 高坚5 魏东6 张欣1,2 王赛赛1,2 孙砚胜1,2 姜巨峰7 李文通1,2 杨昊坤1,4 《中国水产学报》 2023年2期

摘要:

为了探究全红鲤(Cyprinus carpio)和全黄鲤的基因资源，采用Illumina Hi-seq测序技术对两种单色鲤的皮肤进行转录组测序，并对差异表达基因进行注释和富集分析。结果表明：对体长为(33.42±0.24)cm的全红鲤和体长为(38.75±0.43)cm的全黄鲤皮肤测序，分别获得干净数据(clean reads)为129 222 850和130 869 572个；与Nr、Nt、COG、GO、KEGG、Pfam和Uniprot数据库中已知基因进行比对，分别有58 782、61 490、11 468、31 206、31 581、61 385和51 805个基因获得注释，7个数据库中均有注释的基因数为8 378个；在全红鲤和全黄鲤皮肤中存在4 822个差异表达基因，其中，显著上调1 929个，显著下调2 893个；取其中9个差异表达基因进行qRT-PCR验证，证实了转录组数据结果的可靠性；在差异表达基因中，筛选获得了部分参与体色调控的基因，包括mitfa、ednrA、wnt7、agouti和mif等；KEGG分析发现，差异表达基因极显著富集在甘露糖与果糖代谢、糖酵解/糖原异生途径、碳代谢、磷酸戊糖途径和酪氨酸代谢等43条通路；对酪氨酸代谢和黑色素合成通路分析发现，与红色素和黄色素合成相关的基因mif、mif4g、agouti、ednrA和ednrB等显著上调，与黑色素合成相关的基因tyr、tyrp1、mitfa和wnt7等显著下调；差异基因变异分析发现，全红鲤和全黄鲤中均存在的单核苷酸多态性标记(SNP)共388 673个。研究表明，两种单色鲤皮肤组织中差异表达基因主要富集在能量代谢、生长和免疫等通路中，获得的转录组信息可为今后锦鲤分子标记的开发及功能基因的克隆、编辑和功能分析等提供基础数据。

福瑞鲤2号不同生长速率个体肌肉组织转录组分析下载：78 浏览：463

王兰梅1，2 朱文彬1 傅建军1 董在杰1，2 《水产研究进展》 2021年1期

摘要:

鱼类通过选育获得优良生长性状的遗传分子机制目前尚不清楚。实验分析比较了2种不同生长速率福瑞鲤2号肌肉组织的转录组文库。组装后共获得392 238条测序序列(contigs)。其中可比对上斑马鱼、弓斑东方鲀、青鳉、三刺鱼、尼罗罗非鱼和松浦镜鲤的蛋白序列的比例为56.01%～77.71%。2种不同生长速率福瑞鲤2号肌肉转录组比较，获得749个差异表达基因，包括348个上调基因和401个下调基因。鉴定出了与肌肉生长相关关键基因，如mb、myl2b、tnni1、fhl1、lamb3和pdk2等。研究结果为后续基因功能的研究以及鱼类新品种优良生长性状的分子机制解析奠定了基础。

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