文章-世纪中文出版社

海那尔·乌拉孜巴依1,2 叶尔那扎尔·努尔吐热1 陈小玲2 张富春1 张茂祥2 《生物技术研究》 2020年11期

摘要:

克隆人NR2F2(Nuclear Receptor subfamily 2,group F,member 2)基因并分析其生物学特性。[方法]根据NCBI数据库提供的人NR2F2基因序列设计其特异性引物,通过PCR扩增目的基因,并将其连接到p ET-28a载体上,然后进行酶切鉴定与DNA测序来确定人NR2F2基因克隆的正确性,再利用生物信息学在线工具分析人NR2F2蛋白的生物学特性。[结果]酶切鉴定与DNA测序结果表明人NR2F2基因开放阅读框为786 bp,编码261个氨基酸残基,分子量为29 162.79 Da,p I为5.96。NR2F2蛋白是主要位于细胞质和细胞核中的亲水性蛋白,不含跨膜结构域,无信号肽,其二级结构由α螺旋、无规则卷曲和延伸链构成,并且三级结构与二级结构预测结果一致。[结论]克隆获得人NR2F2基因,其编码的蛋白质属于类固醇/甲状腺激素受体超家族,α螺旋和无规则卷曲为二级结构中最主要的结构元件。GO注释分析表明,人NR2F2属于转录因子,参与序列特异性DNA结合、基因转录、RNA的生物合成、RNA代谢等过程。

萤火虫Luc基因的克隆及生物信息学分析下载：81 浏览：503

许勇张忠东李静王红萍王娟胡倩赵娜娜《生物技术研究》 2020年11期

摘要:

克隆野生型虫荧光素酶(luciferase)基因(Luc)全长序列并对其进行生物信息学分析。[方法]以虫荧光素酶报告栽体p XP2 DNA为模板,应用PCR技术,获得萤火虫Luc基因目标条带并克隆到p GEM-T-Easy载体,利用CD search、Prot Param、Prot Scale和SOMPA等11种预测软件对其保守区域、一级结构、理化性质、空间结构及活性区域等进行预测分析。[结果]该酶由551个氨基酸残基组成,属于可溶性亲水蛋白。其二级结构主要由无规卷曲和α-螺旋组成。三级结构以6q2m.1的A链为模板进行同源建模,其活性区域由125个氨基酸残基构成,面积和体积分别为2 483.879?2和1 834.454?3。在该蛋白质的活性区域之外,筛选出38个具备引入二硫键条件的潜在位点。[结论]成功克隆了Luc基因,并对野生型虫荧光素酶进行了生物信息学分析预测,为进一步过定点突变提高虫荧光素酶的热稳定性奠定了理论基础。

CD36原核表达载体的构建及生物信息学分析下载：73 浏览：488

李慧向李村院张梦丹刘莉倪伟胡圣伟《生物技术研究》 2020年6期

摘要:

对CD36基因进行体外克隆表达,建立CD36基因cDNA在大肠杆菌中表达的实验技术以及进行CD36蛋白三级结构的预测并利用生物信息学方法进行分析。[方法]以人血液RNA为模板,RT-PCR扩增CD36的基因序列;并构建原核表达质粒pET-32a-CD36转化到大肠杆菌DE3中后,经过IPTG诱导表达后进行SDS-PAGE验证。[结果]成功克隆了人CD36基因并构建出原核表达质粒,成功转入表达菌大肠杆菌DE3中后经IPTG诱导成功表达,且在1 mmol/L的诱导剂浓度下培养6 h表达量最佳。利用Phyre2和Abcpred软件预测蛋白质结构和B细胞抗原表位,B细胞抗原表位评分大于0.85的CD36的B细胞抗原表位有8个。[结论]成功建立了人CD36基因的原核表达的实验技术,并对CD36的结构及B细胞抗原表位进行了预测,为后续研究CD36基因的功能和抗体制备提供方向和奠定基础。

胞浆接头蛋白Dok5的表达及生物信息学分析下载：67 浏览：492

庞云丽杨晶杨云张萌赵思雯鲁帅尧《生物技术研究》 2020年6期

摘要:

构建携带小鼠Dok5基因及其PH、PTB结构域的原核表达载体,并表达对应GST融合蛋白。[方法]从小鼠脑组织提取总RNA,逆转录后经PCR扩增、酶切、连接及转化大肠杆菌DH5α,构建携带Dok5全长(FL)、PTB、PH结构域的原核表达质粒,经酶切及测序鉴定之后,转化大肠杆菌BL21,经IPTG诱导表达蛋白,再利用Glutathion Sepharose 4B亲和层析柱纯化得到融合蛋白,并通过Western Blotting检测其与相应抗体的反应性。利用生物信息学相关软件(ClustalW2、ProtParam、ProtScale、NetPhos 2.0 Server、SOPMA、Swissmodel)预测Dok5蛋白的理化性质和磷酸化位点以及二、三级结构。[结果]构建了小鼠Dok5 FL、PH、PTB的原核表达质粒,并得到了浓度分别为0.3 mg/ml、0.6 mg/mL、1 mg/mL的pGEX 6p-1-Dok5 FL、PH、PTB蛋白,其中Dok5 FL融合蛋白与相应抗体具有良好的反应性。Dok5长度为921 bp,编码306个氨基酸,在人、鼠、猴中高度保守。Dok5相对分子质量为35.453 kDa,理论pI为9.0,包含50个潜在磷酸化位点。[结论]分别得到了63 kDa、39 kDa、37 kDa的Dok5 FL、PH、PTB的GST融合蛋白,预测Dok5是一种亲水性的不稳定蛋白。

魏雪玲尚方建石哲芳刘奇《生物技术研究》 2020年3期

摘要:

研究与白假丝念珠菌毒力相关的RAPD电泳条带的基因信息,明确这些条带是否来源于已知的毒力调控基因。[方法]通过对相关的白假丝酵母菌重新进行RAPD-PCR,切胶回收,以回收的DNA作为模板进行大量扩增,构建TA克隆,送测序。将获得的DNA信息登录Gen Bank数据库进行比对,寻找与包含这些条带信息的蛋白质。查阅文献,进行生物信息学分析,明确条带的基因信息与已发现的白假丝酵母菌调控基因之间的关系。[结果]白假丝酵母菌RAPD的450 bp条带为Abp1p(ABP1)蛋白的基因片段。[结论]Abp1p(ABP1)基因的过表达可能与下调磷脂酶表达有关,但具体机制有待进一步研究。

人TCF7L2基因启动子生物信息学分析下载：83 浏览：491

鲍思元《生物技术研究》 2020年2期

摘要:

探讨人TCF7L2基因启动子特征。[方法]从UCSC数据库获得人TCF7L2基因5'调控区2 000 bp序列,利用多种在线软件对启动子、转录因子结合位点、Cp G岛、SNP等进行分析。[结果]5'调控区2 000 bp序列正义链上至少存在5个潜在的启动子,其中-242～-192 bp、-853～-803 bp之间可能包含核心启动子。查找到1个TATA盒,存在1个长度为499 bp的Cp G岛。Ali Baba2. 1、PROMO和JASPAR软件分别预测到241、944、1 035(正义链)个转录因子结合位点。利用conreal程序在人和小鼠TCF7L2基因启动子保守区域内预测到207个共同的转录因子结合位点,涉及到66种转录因子。启动子区发现2个SNP位点。[结论]对人TCF7L2基因启动子进行了生物信息学分析,获得了启动子特征。

金黄色葡萄球菌前噬菌体PT1028ORF001基因的生物信息学分析及原核表达下载：76 浏览：494

何文迪1 陈新江1 吴立山2 盛佩群1 吴玲净1 陈逸璐1 羊晓敏1 吴佳艳1 李文通1 《生物技术研究》 2019年12期

摘要:

对金黄色葡萄球菌前噬菌体的PT1028ORF001基因进行生物信息学分析,并进行原核表达,为金黄色葡萄球菌前噬菌体基因的功能研究提供参考数据。[方法]将金黄色葡萄球菌ATCC 25923菌株功能未知的基因通过BLAST比对,从中发现了一个噬菌体PT1028的基因序列,将该基因命名为PT1028ORF001。使用Protparam、Prot Comp9. 0、NCBI保守结构域数据库、TMpred、Net Phos 3. 1 Server、PSIPRED、SWISS-MODEL等在线生物信息软件,分析PT1028ORF001蛋白的理化性质、亚细胞定位、保守结构域、跨膜区域、磷酸化修饰位点、二级结构和三维结构。用自行设计的引物扩增PT1028ORF001基因,扩增产物经酶切回收后与原核表达载体p ET-32a相连接,构建重组表达质粒,将该重组质粒转化E. coli TG1内,经菌落PCR鉴定后,增菌培养并提取质粒,再转化E. coli BL21 (DE3),经IPTG诱导表达后进行SDS-PAGE检测分析。[结果]PT1028ORF001蛋白由569个氨基酸组成,相对分子质量为64 671. 34 Da,等电点为8. 07,负电荷氨基酸残基总数为71个,正电荷氨基酸总数为73个,分子式:C2894H4530N762O885S16,原子总数9087个,是一种稳定的亲水蛋白质,定位于细胞膜上,与功能未知的DUF927蛋白超家族具有高度同源性,第202-223、240-258位氨基酸分别形成一个典型的跨膜区,潜在的磷酸化修饰位点共71个,二级结构中ɑ螺旋占比最高(40. 60%),其次是无规则卷曲(39. 89%),三维空间结构与二级结构预测结果相符。成功构建了表达载体p ET-32a(+)-PT1028ORF001,经IPTG诱导后重组蛋白获得了表达,蛋白相对分子质量为82. 4 k Da。[结论]PT1028ORF001基因的生物信息学分析结果以及该基因的成功克隆与表达,为深入研究该蛋白及其他金黄色葡萄球菌前噬菌体基因的功能奠定了一定基础。

解淀粉芽孢杆菌Q426双组分信号转导系统的生物信息学分析下载：81 浏览：497

师舷刘佳璐董极靓吴亚多权春善《生物技术研究》 2019年12期

摘要:

分析解淀粉芽孢杆菌(Bacillus amyloliquefaciens)双组分信号转导系统(Two-Component Signal Transduction System,TCS)的结构、功能和分布,为挖掘解淀粉芽孢杆菌的生物功能、开发其商业价值提供理论依据。[方法]采用生物信息学方法,系统分析了由笔者实验室分离得到并完成全基因组测序的解淀粉芽孢杆菌Q426的TCS。[结果]Q426菌株所携带的HKs和RRs分别为42和40,其中成对的TCS(HK-RR)数为19,杂合的TCS(Hybrid)为1,而HKs和RRs分别为22和20,并对19对TCS中15对的生物学功能做出预测。[结论]Q426菌株的TCS涉及杆菌肽、羊毛硫抗生素和多种抗菌肽的合成,为深入研究解淀粉芽孢杆菌抗菌活性物质的合成与调控提供思路。

干旱胁迫下白沙蒿P5CS的生物信息学分析下载：64 浏览：471

周利霞王铁娟《生物技术研究》 2019年12期

摘要:

确定白沙蒿在干旱胁迫下起渗透调节作用的脯氨酸合成基因P5CS的生物信息学特征。[方法]对白沙蒿进行田间最大持水量的70%、40%及30%的干旱胁迫处理,再对其进行转录组测序获得不同胁迫处理下的差异表达基因,并筛选显著上调表达的P5CS,对其进行序列分析。[结果]P5CS对白沙蒿的抗旱性起调控作用,该基因序列全长为3 061 bp,包含长为2 145 bp的一个完整的开放阅读框(ORF),共编码714个氨基酸。等电点为6. 12、分子式为C3403H5539N965O1042S16、分子质量为77 157. 21 k Da,为亲水性蛋白,其序列同源性与黄花蒿最高,为93%。二级结构组成中α螺旋占的比例最高(40. 62%),无跨膜结构,主要分布在细胞质中。[结论]在干旱胁迫下,白沙蒿脯氨酸合成基因P5CS通过显著上调表达,参与了白沙蒿的抗旱调控。

软枣猕猴桃ICE1基因克隆与生物信息学分析下载：79 浏览：490

张庆田1 范书田2 李昌禹2 艾军2 秦红艳2 《生物技术研究》 2019年5期

摘要:

为研究软枣猕猴桃ICE1基因的生物学功能及抗寒分子机制奠定基础。[方法]以4℃低温处理24 h的软枣猕猴桃(Actinidia arguta Planch) c DNA为模板,通过反转录PCR技术克隆ICE1基因。[结果]该基因c DNA长1524 bp,可编码507个氨基酸。生物信息学分析显示ICE1基因是编码MYC2型的b HLH转录因子,编码蛋白是定位于细胞核的非跨膜亲水蛋白。推导的氨基酸序列与中华猕猴桃(Actinidia chinensis var. chinensis)和山葡萄(Vitis amurensis) ICE1存在着较高的同源性。[结论]成功克隆到软枣猕猴桃抗寒转录因子命名为AaICE1。

金黄色葡萄球菌ymdB基因的克隆表达及生物信息学分析下载：71 浏览：491

夏佳音1 陈新江2 李文通2 吴佳艳2 羊晓敏2 《生物技术研究》 2019年9期

摘要:

克隆、表达金黄色葡萄球菌ymd B基因,并对其编码产物进行生物信息学分析。[方法]以金黄色葡萄球菌ATCC 25923菌株的基因组DNA为模板,用聚合酶链式反应扩增ymd B基因,将扩增基因酶切后与表达载体pET-32a(+)连接,构建重组质粒并转化大肠杆菌TG1,增菌培养后提取质粒,经PCR、基因测序鉴定后,再转化大肠杆菌BL21(DE3),对转化菌株进行诱导后,进行10%SDS-PAGE分析。使用Protparam、PSORT、CDD、Signal P 4. 1、TMpred、Net Phos 3. 1 Server、PSIPRED、SWISS-MODEL等软件,分析YmdB蛋白的氨基酸数目、相对分子质量、理论等电点、带电荷氨基酸总数、半衰期、稳定性、疏水性、亚细胞定位、保守结构域、信号肽、跨膜区、磷酸化位点、二级结构、三维结构等。[结果]构建了表达载体pET-32a(+)-ymd B,在37℃经异丙基-β-D硫代半乳糖苷(IPTG)诱导后获得表达。YmdB蛋白由266个氨基酸组成,相对分子质量为30134. 53Da,等电点为6. 23,正电荷氨基酸总数为33个,负电荷氨基酸总数为35个,在大肠杆菌内的半衰期为10 h以上,是稳定的亲水蛋白质,定位于细胞质中,与YmdB蛋白家族具有相似的保守结构域,没有信号肽,有一个跨膜区和14个磷酸化位点,二级结构中ɑ螺旋、β折叠和无规则卷曲分别占42. 11%、9. 40%、48. 49%,三维空间结构与二级结构预测结果大致相同。[结论]成功克隆、表达了金黄色葡萄球菌ymdB基因,并对YmdB蛋白进行了生物信息学分析,为深入研究该蛋白的分子作用机理打下一定基础。

小叶章PPDK基因的克隆和生物信息学分析下载：81 浏览：489

王丽媛张玉徐明怡伍一宁冷海楠许楠倪红伟《生物技术研究》 2019年5期

摘要:

获得小叶章PPDK的cDNA序列,推测蛋白氨基酸理化性质及二三级结构等,以及已知物种PPDK氨基酸系统进化分析。[方法]利用RT-PCR技术扩增PPDK序列,通过ProtParam、Blast、THMHMM、SOPMA等生物信息软件分析序列。[结果]获得了小叶章PPDK的c DNA序列,长1 035 bp,相对分子量41. 910 kDa,等电点为9. 70,氨基酸中含量最高的是丝氨酸,72个;蛋白二级结构中无规卷曲占48. 83%,不含信号肽和跨膜结构,氨基酸系统进化树结果分析发现小叶章PPDK与二穗短柄草、水稻亲缘关系最近。[结论]小叶章PPDK含有385个氨基酸,含1个PDRP活性调控位点,72个参与信号传导的磷酸化位点。

牛妊娠相关糖蛋白BoPAG1的制备及生物信息学分析下载：82 浏览：513

杨亚军1 王震2 张洁1 徐明国2 陈创夫2 《生物技术研究》 2019年2期

摘要:

获得高效表达并且抗原性较好的Bo PAG1(bovin Pregnancy associated glycoproteins 1)蛋白,并分析其生物信息学功能。[方法]扩增荷斯坦奶牛Bo PAG1基因,并将其连接在表达载体p ET-30a,并转化至大肠杆菌(DE3)中表达,用SDS-PAGE和Western Blot检测其免疫学特性,采用生物信息学方法对Bo PAG1基因编码蛋白的蛋白修饰、结构、线性B细胞抗原表位进行预测分析。并对不同物种间的PAG1以及荷斯坦奶牛Bo PAG的氨基酸做同源性分析。[结果]成功克隆Bo PAG1基因并表达相应蛋白,大小与预期结果相符,预测Bo PAG1蛋白具有18个B细胞抗原表位,其N端具有15个氨基酸组成的信号肽,并且有4处N连接糖基化,不同物种间PAG1氨基酸的同源性为95. 1%～97. 9%,Bo PAG蛋白家族氨基酸的同源性为86. 4%～97. 2%。[结论]成功表达并纯化获得了Bo PAG1蛋白。Bo PAG1蛋白N连接糖基化有4处并且预测出18个B细胞抗原表位以及15个氨基酸组成的信号肽。不同物种间PAG1及Bo PAG蛋白家族同源性较高。为Bo PAG1蛋白抗体的制备和功能的研究提供了基础。

沙眼衣原体LpxA基因克隆及生物信息学分析下载：86 浏览：510

李德坤1 雷蕾2 李冉辉3 《生物技术研究》 2018年3期

摘要:

克隆沙眼衣原体(Chlamydia trachomatis)LpxA基因并分析其生物学特性。[方法]根据Ct LpxA基因序列设计特异性引物,利用PCR扩增LpxA基因,并把LpxA基因连接到p MD18-T载体,挑取阳性克隆进行PCR和DNA测序验证。最后使用生物信息学软件分析LpxA蛋白的生物学性质。[结果]从Ct基因组中PCR扩增得到840 bp的Ct LpxA基因,该基因共编码280个氨基酸。LpxA蛋白无信号肽,定位在细菌细胞质。二级结构预测得知α-螺旋占19.6%,延伸链占32.8%,β-转角为11.4%,无规卷曲为36%。三级结构预测得知3个相同的LpxA分子组成同源三聚体。预测得知LpxA蛋白有11个B细胞表位。[结论]克隆得到Ct LpxA基因,并预测了其结构和功能。

恶性肺结节差异表达基因的生物信息学分析下载：64 浏览：394

满君1 张晓梅2 宋龙飞3 《预防医学杂志》 2020年10期

摘要:

目的应用生物信息学方法挖掘恶性肺结节的相关基因,为恶性肺结节诊断和治疗提供靶点。方法从GEO (Gene Expression Omnibus)数据库中下载基因芯片数据集GSE108375和GSE27489,利用GEO2R筛选恶性肺结节的差异表达基因(DEGs)。应用DAVID数据库进行GO和KEGG通路富集分析,利用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络和关键基因模块,筛选恶性肺结节关键基因。运用UCSC和ONCOMINE数据库中的临床组织样本验证靶基因与肺癌的关系。结果初筛出62个DEGs,富集分析发现差异基因在细胞粘附、细胞迁移、受体激活、信号转导等方面存在显著富集。共筛选出ITGB2、RAC2、CD44、PECAM1、HCK、DOCK2、WAS、MYO1F、AIF1 9个恶性肺结节靶基因,经临床肺癌组织样本验证靶基因在肺癌组织中存在显著高表达。结论通过生物信息学筛选出9个靶基因,表明其可能是恶性肺结节发病机制、临床诊断和治疗的研究靶点。

脂肪酸合成酶作为癌症治疗靶点的生物信息学分析下载：67 浏览：397

孙东雷赵田禾赵曼羽张遵真《预防医学杂志》 2020年10期

摘要:

目的基于生物信息学探究脂肪酸合成酶(FASN)在癌症中的作用,为将FASN作为肿瘤诊断生物标志物和防控靶点提供线索。方法从癌症基因组图谱TCGA数据库中获取10 967份样本资料,采用cBioPortal和GEPIA肿瘤基因分析工具,探究FASN基因在癌症病人中的序列变化和表达情况,并进一步分析FASN在肿瘤组织和正常组织间的表达差异;从GEO数据库获取非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)病人的样本数据,分析FASN在NAFLD诱发肝细胞癌疾病进程中的作用;采用String数据库检索FASN相关蛋白并进行富集功能注释。结果 FASN基因在10 967份癌组织样本中的改变率为4.60%,在肝细胞癌、膀胱癌等多种实体瘤中表达上升;FASN在NAFLD组和对照组的表达值为9.78±0.74和8.99±1.21(P<0.05),在重度脂肪变性和轻度脂肪变性患者的表达值为791.89±420.59和562.85±432.87(P<0.05);FASN相关蛋白的生物学功能主要为介导蛋白间结合、调节催化酶活性以及调控能量代谢。结论 FASN与多种癌症的发生发展密切相关,靶向抑制FASN有希望成为肝细胞癌的治疗策略。

黄花苜蓿Mfβ-Hex1基因的克隆及生物信息学分析下载：88 浏览：500

徐文艺赵彦包健王俊杰《农业学报》 2019年7期

摘要:

为了鉴定黄花苜蓿耐牧性的相关基因,采用PCR技术对黄花苜蓿Mfβ-Hex1基因进行克隆,并利用生物信息学软件分析了基因的序列信息。结果表明:黄花苜蓿β-氨基己糖苷酶(Mfβ-Hex1)基因全长786 bp,包含675 bp的开放阅读框,编码224个氨基酸,主要由谷氨酸、缬氨酸、亮氨酸等组成。与豆科植物蒺藜苜蓿和鹰嘴豆中的β-Hex1基因具有高度同源性,与蒺藜苜蓿聚为一支。Mfβ-Hex1基因属于GH20家族成员,不具有跨膜区域,其二级结构以α-螺旋为主,亚细胞定位主要存在于细胞质中,该研究为深入研究Mfβ-Hex1基因的功能奠定了基础。

黄鳍鲷肌肉中弹性蛋白酶基因全长克隆及生物信息学下载：77 浏览：500

钟婵1 吴国平1 舒梅1 孙乐常2 曹敏杰2 《水产研究进展》 2021年1期

摘要:

研究表明弹性蛋白酶(elastase， Ela)参与调控嗜水气单胞菌引起的细菌性溃疡病，对控制鱼类养殖中免疫疾病有重要作用。本研究根据已报道脊椎动物的Elas基因序列设计特异性引物，通过RT-PCR和RACE技术克隆获得黄鳍鲷Ela基因(AlEla)cDNA序列全长，并对其进行生物信息学分析。结果显示，AlEla基因全长为946 bp，包含807 bp的开放阅读框，编码269个氨基酸，含有16个氨基酸信号肽的亲水性稳定膜外蛋白，定位于细胞外基质，具有3个O-糖基化和15个磷酸化的潜在位点。编码的成熟AlEla蛋白预测相对分子质量27 509 u，等电点为6.05。氨基酸序列同源性比对发现，AlEla与鲷和鲆的Elas2的同源性为84.76%～99.26%，处于系统进化树上同一分支，表明它们的亲缘性相近。AlEla具有Elas的保守结构，如Tryp-SPc结构域、丝氨酸蛋白酶催化三联体、保守的半胱氨酸残基以及在C端含有GDSGGPL序列等，揭示该酶有丝氨酸蛋白酶的催化活性。对AlEla蛋白的二级结构分析显示，α-螺旋、β-转角、β-折叠和无规则卷曲所占的比例分别为17.84%、7.06%、24.54%和50.56%。三级结构分析推测α-螺旋和β-折叠对于AlEla蛋白的空间构象可能有着重要作用。本研究从黄鳍鲷肌肉中成功克隆AlEla基因并分析其生物信息学特征，为后续研究AlEla参与调控鱼类免疫疾病的机制提供理论基础。

基于生物信息学分析肝癌组织中关键基因及MicroRNA 下载：75 浏览：494

吴娜1 毛祥坤2 万治平2 李瀚旻3 《中国中医药》 2019年5期

摘要:

目的:探讨肝细胞癌中关键基因、miRNA及相关的信号通路。方法:在美国国立生物技术信息中心数据库GEO(Gene Expression Omnibus)中下载4个芯片数据(GSE62232、GSE84598及GSE452673个基因数据及GSE98269miRNA数据)进行分析。将筛选出的差异基因(differentially expressed genes,DEGs)输入DAVID数据库进行Gene ontology(GO)及Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)富集分析,用Cytoscape软件构建蛋白-蛋白互作分析图。将筛选出的差异miRNA(differentially expressed miRNAs,DEMs)用在线软件miRDB进行靶基因预测。结果:通过筛选后发现152个DEGs(103个下调基因及49个上调基因)及34个DEMs(26个DEMs高表达,8个DEMs低表达)。经过DAVID分析后发现P53信号通路、卵母细胞减数分裂等生物过程参与肝癌的发生发展。结论:在152个DEGs中TOP2A、AURKA、HMMR、ANLN、CCNB1、CCNB2、CDK1、CDK3、CENPF、NDC80等10个过表达靶基因可作为肝癌的潜在生物学标记物,miR-424-5p为肝癌的重要miRNA,P53信号通路可能是肝癌的关键作用分子机制。

TLR4基因结构和功能的生物信息学分析下载：95 浏览：523

郑洋1 王佳慧1 梁天坚1 汪磊1 赵铁建2 《中国中医药》 2020年1期

摘要:

目的运用生物信息学的各种方法,对TLR4基因的结构和功能进行深入分析。方法依托生物信息学的各种软件,对TLR4基因启动子及其所编码的氨基酸理化性质、信号肽、跨膜结构、蛋白质的二级结构、蛋白质三级结构、蛋白质翻译后修饰、蛋白质相互作用进行生物信息学分析。结果 TLR4基因只有一个启动子;TLR4蛋白属于亲水的不稳定蛋白,等电点为5.88;TLR4蛋白大多数位于膜外的分泌蛋白并且有信号肽;二级结构以α螺旋和无规则卷曲为主;三级结构稳定可靠;N-糖基化位点和O-糖基化位点各有10和4位;磷酸化的位点有Ser:21,Thr:6,Tyr:7;TLR4蛋白可以与10个蛋白发生作用。结论深入分析TLR4基因的结构和功能,研究其与肝脏疾病之间的关系有很大的意义。

	在线客服
	客服电话：400-188-5008
	客服邮箱：service@ccnpub.com
	投诉举报：feedback@ccnpub.com

	在线客服：：点击联系客服
	联系电话：：400-188-5008
	客服邮箱：：service@ccnpub.com
	投诉举报：：feedback@ccnpub.com