文章-世纪中文出版社

杨娟于晓涛郭丽娜王单单吴作敏王瑞《中医研究杂志》 2020年10期

摘要:

目的:采用网络药理学的方法探究金银花抗炎的作用机制。方法:通过药理学分析平台TCMSP数据库以口服生物利用度(OB)≥20%和类药性(DL)≥0.1为条件筛选金银花活性成分。并采用Cytoscape3.7软件构建金银花活性成分-预测靶点网络图。利用TTD数据库以"Anti-inflammatory"为关键词搜索抗炎靶点,再使用String数据库构建抗炎相关靶点之间的PPI网络图,并将其与活性成分-预测靶点融合,获得金银花活性成分的抗炎作用靶点。利用DAVID数据库对金银花抗炎作用靶点进行KEGG通路富集分析,以探究金银花抗炎作用机制。结果:获得金银花中具有类药性、口服吸收良好的40个成分,包括槲皮素、芹黄素、山柰酚等。其中抗炎成分主要有金圣草(黄)素、山柰酚、槲皮素、毛地黄黄酮等。金银花抗炎作用的主要靶点有丝裂原活化蛋白激酶14(MAPK14)、表皮生长因子受体(EGFR)、E-选择素(SELE)、受体蛋白酪氨酸激酶erbb-2(ERBB2)等。其中金圣草(黄)素、5-羟基-7-甲氧基-2-(3,4,5-三甲氧基苯基)铬酮、2-(3,4-二甲氧基苯基)-5-羟基-7-甲氧基-铬酮、麦黄酮主要作用于MAPK14;山柰酚、槲皮素作用于SELE;毛地黄黄酮、槲皮素作用于EGFR和ERBB2。KEGG分析得到与金银花抗炎作用有关的通路18条,主要涉及TNF信号通路、MAPK信号通路等。结论:金银花中的活性成分主要通过MAPK14、EGFR、ERBB2、SELE等靶点抑制炎症因子的产生、抑制炎症因子与相应受体结合、阻断炎症反应的启动等,最终发挥抗炎作用。

夏天无对新型冠状病毒肺炎的网络药理学和分子对接研究下载：59 浏览：397

吴晨魏昀葛珊高慧琴《中医研究杂志》 2020年6期

摘要:

目的:通过网络药理学和分子对接方法讨论夏天无对新型冠状病毒肺炎(Corona Virus Disease 2019,COVID-19)的作用机制。方法:通过TCMIP和GeneCards数据库检索得到COVID-19的疾病靶点,并在TCMSP数据库检索夏天无的成分并参照筛选标准:OB≥30%和DL≥0.18筛选活性成分,借助Swiss Target Prediction数据库检索其活性成分作用靶点,再通过VENNY2.1平台映射夏天无活性成分作用靶点和COVID-19疾病靶点的相同部分以获得重要靶点,并使用Cytoscape3.2.1软件将其与活性成分与重要靶点构建"中药-活性成分-重要靶点-疾病"网络以分析核心靶点和重要成分;同时,借助STRING数据库构建蛋白互作(PPI)网络以辅助筛选核心靶点;最终将核心靶点导入DAVID数据库和Cytoscape3.2.1软件,得到相关KEGG信号通路和Go生物过程并筛得核心成分。以此为基础,分析核心成分对SARS-CoV-2病毒的COVID-19(6y84)构型的分子对接情况。结果:1)检索得到723个与COVID-19相关的疾病靶点;2)检索得到夏天无含有8个活性成分,可作用于853个(400种)靶点;3)夏天无可作用于COVID-19的重要靶点75个;4)夏天无可作用于COVID-19的核心靶点35个;5)得到与核心靶点相关的KEGG通路共17条,其中P<0.01的重要信号通路共有4条,P<0.01的生物过程53条。核心成分可与COVID-19(6y84)形成构象能量较低、结构稳定的对接。结论:夏天无具备治疗COVID-19的成分物质基础,值得进一步研发。

基于网络药理学的苋参合剂抗运动性疲劳作用机制研究下载：79 浏览：561

阮亦王欢顾伟凌昌全《中国中医药》 2019年12期

摘要:

目的:运用网络药理学分析苋参合剂抗运动性疲劳的有效成分、作用靶点及通路，探讨其抗运动性疲劳的可能机制。方法:通过中药化学成分数据库及文献检索，获取苋参合剂的化学成分；并依据TCMSP数据库的口服生物利用度(Oral Bioavailability， OB)和类药性指数(Drug Likeindex， DL)筛选出主要有效活性成分。借助DRAR-CPI分子对接服务器得到有效活性成分的潜在作用靶点，并以DAVID数据库对进行生物学功能和KEGG通路进行分析，通过已知运动性疲劳相关因素与发生机制，筛选疲劳相关功能通路，并得出苋参合剂抗运动性疲劳相关靶点。利用Cytoscape软件构建苋参合剂的有效活性成分-靶点网络图。结果:本研究共筛选出苋参合剂有效成分15种，抗运动性疲劳靶点172个。并发现该方在能量物质代谢、类固醇激素调节及免疫相关共17个生物学过程及12个通路中显著富集。结论:初步探究了苋参合剂抗运动性疲劳作用的主要潜在靶点和相关通路，为进一步实验和临床研究揭示其作用机制奠定了基础。

基于网络药理学探讨祛湿通脉法在类风湿性关节炎中的作用下载：64 浏览：500

刘丹凯1 王强1 韩隆胤1 郭文杰1 郑乐1 丁文聪1 黄文广1 刘敏莹2 林昌松2 《中国中医药》 2020年8期

摘要:

目的通过网络药理学探究全蝎、益母草、金钱草治疗类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis,RA)的药理机制,为祛湿通脉法的临床运用提供理论依据。方法基于TCMSP、TCMID数据库搜集全蝎、益母草、金钱草成分及靶点,通过Cytoscape软件构建成分-靶点网络;通过TTD、DrugBank数据收集RA相关靶点,在STRING数据库构建靶点互作PPI网络。在Genomics数据库分析药物和疾病共有靶点,并利用Cytoscape软件中Cluego插件分析共同靶点的信号通路,最后构建成分-靶点-通路网络图并分析。结果益母草、金钱草、全蝎发挥治疗RA的成分可能是槲皮素、山柰酚等;发挥治疗作用的靶点可能包括IL-6、TNF、JUN、PTGS1、PTGS2、PIK3CG等;其关键作用通路包括L-17信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、NF-κB信号通路等13条。结论益母草、金钱草、全蝎治疗RA作用的药理学机制可能是通过多组分、多靶点、多通路实现,祛湿通脉法运用于RA治疗具有一定的价值。

基于网络药理学的党参增强免疫功能机制研究下载：65 浏览：499

陈冬梅1 蒙洁1 刘佳佳1 赵翊2 王晶1 《中国中医药》 2020年8期

摘要:

目的运用网络药理学方法探究党参增强免疫功能的潜在作用机制。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)查找党参的活性成分及与活性成分相关的潜在靶点,并采用Cytoscape3.6.1软件构建党参活性成分-靶点网络。在NCBI网站下Gene数据库中以"immunosuppression"为关键词搜索免疫抑制靶点,使用装载ReactomeFIViz插件的Cytoscape3.6.1软件构建免疫抑制靶点相互作用网络,并将其与党参活性成分-靶点网络融合,获得党参活性成分的免疫作用靶点。使用DAVID数据库对党参免疫作用靶点进行KEGG通路富集分析,以探究党参增强免疫功能的作用机制。结果党参发挥免疫作用的主要靶点有肿瘤坏死因子(TNF),转录因子p65(RELA),白细胞介素10(IL10),白细胞介素6(IL6),白细胞介素2(IL2)等。其中木樨草素,芹菜素,棕榈酸甲酯,棕榈酸,白术内酯III主要作用于TNF;芹菜素,月桂酸,辣椒素,木樨草素,棕榈酸甲酯主要作用于RELA;木樨草素,棕榈酸甲酯,棕榈酸主要作用于IL-10;月桂酸,木樨草素,棕榈酸甲酯主要作用于IL-6;芹菜素,木樨草素主要作用于IL-2。KEGG分析得到与党参免疫作用有关的通路16条,主要涉及T细胞受体信号通路,NOD样受体信号通路等。结论党参中的免疫活性成分可能通过调控TNF、RELA、IL10、IL6等靶点,T细胞受体信号通路,NOD样受体信号通路等多个途径发挥增强机体免疫功能的作用。

基于网络药理学及分子对接研究健脾化浊调脂颗粒治疗非酒精性脂肪肝的分子作用机制下载：71 浏览：495

吴娜1 毛祥坤2 徐驲1 于男2 刘中勇1 《中国中医药》 2020年6期

摘要:

目的通过网络药理学及分子对接技术探讨健脾化浊调脂颗粒(国家专利号ZL 201510430075.8)治疗非酒精性脂肪肝的具体分子机制。方法通过中国知网、TCMSP、BATMAN-TCM 3个数据库对健脾化浊调脂颗粒主要成分及潜在作用靶点进行收集。从DisGeNET数据库中寻找与非酒精性脂肪肝相关的疾病基因与潜在靶点进行映射,得出健脾化浊调脂颗粒治疗非酒精性脂肪肝最终作用靶标。将最终靶标输入STRING数据库得出"蛋白-蛋白"相互作用关系,并用Cytoscape软件进行可视化。输入DAVID数据库进行KEGG PATHWAY富集,得出其可能作用的分子机制并构建"活性成分-靶标-作用通路"网络图。将"蛋白-蛋白"互作图中排名前5位靶标蛋白与君药进行分子对接,以验证其治疗作用。结果通过网络药理学预测后发现,健脾化浊调脂颗粒中有117个有效成分可用于治疗NAFLD,其中涉及113个靶基因及包括AMPK、PPAR、FOXO、胰岛素抵抗等18个信号通路。通过分子对接发现,5个靶标蛋白与君药结合性较好。结论从分子对接技术揭示了健脾化浊调脂颗粒有直接治疗非酒精性脂肪肝的作用,从网络药理学角度初步揭示了其治疗非酒精性脂肪的分子机制,为后续的研究提供了基础。

基于系统药理学和分子对接研究薤白治疗冠心病的作用机制下载：83 浏览：506

赵阳1 郑景辉2 徐文华1 赵新望1 《中国中医药》 2020年4期

摘要:

目的通过系统药理学和分子对接方法,对薤白治疗冠心病的作用机制进行研究。方法收集薤白的有效化合物;预测这些化合物对冠心病的作用靶点;对这些靶点进行PPI网络图的构建、GO富集分析和KEGG通路注释分析;将这些化合物与靶点进行分子对接。结果薤白共收集到11个有效化合物,作用于30个冠心病相关靶点。PPI网络图显示ALB、ACE、REN、MMP9、MAPK1、NOS3、F2、MMP2、SELE、PPARG为10个联系最多的靶点。GO富集分析显示出66个生物过程、22个分子功能、11个细胞成分,涉及雌激素反应、凝血、冠脉炎症、RAAS系统、抗氧化、稳定粥样斑块6个方面。KEGG通路注释分析显示出13条通路,其中6条通路与冠心病相关,分别是:Estrogen signaling pathway、PPAR signaling pathway、Complement and coagulation cascades、Renin-angiotensin system、HIF-1 signaling pathway and TNF signaling pathway。330组分子对接结果显示233组具有较好的结合活性。结论枳实薤白桂枝汤治疗冠心病具有多成分、多靶点的特点,可能通过抗凝血、稳斑块、抗氧化、抗炎症、降血脂、抑制RASS系统、增加NO保护、促进雌激素分泌8个方面发挥治疗冠心病的作用,且Estrogen signaling pathway是薤白作用冠心病的最主要通路。

当归-白芍药对治疗溃疡性结肠炎的网络药理学研究下载：99 浏览：536

徐甜连雅君李振汉樊姝宁邓楠马重阳程发峰王雪茜王庆国《中国中医药》 2020年1期

摘要:

目的基于网络药理学研究当归-白芍药对治疗溃疡性结肠炎的作用机制。方法利用TCMSP数据库,得到当归-白芍药对化学成分的口服利用率和药物相似性等参数,并筛选药对的有效成分组。利用UniProt数据库找到当归-白芍药对有效靶点的官方基因名称,并利用CTD数据库进行靶点相关疾病注释。通过DisGeNET数据库得到溃疡性结肠炎的相关靶点,并与当归-白芍作用靶点取交集,得到其治疗溃疡性结肠炎的药效靶点。将上述靶点输入到String数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用网络预测,最后利用DAVID数据库进行KEGG富集分析,揭示当归-白芍药对治疗溃疡性结肠炎的潜在信号通路。结果筛选出了当归的2个活性成分和白芍的9个活性成分以及63个抗溃疡性结肠炎的靶点。通过蛋白质互作网络分析,当归-白芍药对治疗溃疡性结肠炎可能与MAPK14、PTSG2、PPARG、TNF、IL6、NOS3、BCL2等蛋白质有关。此外,当归-白芍药对治疗溃疡性结肠炎的靶点显著富集于HIF-1、TNF、NF-κB等信号通路中。结论当归-白芍药对具有多靶点、多途径、多通路的特点,其治疗溃疡性结肠炎的潜在生物学机制可能与以HIF-1、TNF、NF-κB等信号通路有关。

基于网络药理学探讨补肾强督治偻方治疗强直性脊柱炎的作用机理下载：91 浏览：507

邱冬妮1 潘峰2 谭希1 赖勇辉1 何晓红2 周颖燕2 何羿婷2 《当代中医药》 2018年7期

摘要:

目的通过网络药理学方法探讨补肾强督治偻方治疗强直性脊柱炎的作用机理。方法运用中药系统药理学成分分析平台(BAT-MAN)数据库获取补肾强督治偻方的作用靶标基因,于CTD数据库中获取强直性脊柱炎疾病相对应的靶标基因,将两者取交集后获取疾病-药物蛋白靶基因,运用网络可视化软件STRING构建蛋白质间相互作用网络,并将结果进行网络可视化展示,通过网络结构和节点间加权重联系的计算分析算法筛选出重要的关键基因。借助DAVID在线工具进行疾病-药物交集靶基因的基因本体论(GO)分析和KEGG通路富集分析。最后在CTD数据库中获取关键基因于强直性脊柱炎的疾病治疗作用。结果补肾强督治偻方靶标基因与强直性脊柱炎疾病靶标基因的交集基因有705个。GO分析结果显示,补肾强督治偻方-强直性脊柱炎交集靶基因的生物功能主要包括基因表达的阳性调控、炎症反应、细胞增殖阳性调控等;信号通路富集结果显示,补肾强督治偻方-强直性脊柱炎交集靶基因的网络主要涉及肿瘤坏死因子信号通路、雌激素信号通路、T细胞受体信号通路等。获得关键基因23个,都与痛症、炎症性疾病及关节炎性疾病相关。结论补肾强督治偻方治疗强直性脊柱炎是多靶点、多通路、多选择的复杂机制过程,其机制多与抗炎和镇痛相关。

基于网络药理学探讨八角莲抗肿瘤的作用机制下载：189 浏览：1714

米文静霍丽妮杨世林《肿瘤研究》 2023年1期

摘要:

目的：基于网络药理学的方法探讨八角莲活性成分及作用机制。方法：采用TCMSP数据库和Swiss Target Prediction 数据库获取八角莲活性成分及其疾病靶标，利用GeneCards和PubMed Gene数据库检索筛选肿瘤相关靶标；借助Cytoscape软件构建活性成分成分-抗肿瘤靶标网络；使用String数据库构建蛋白相互作用关系网络；采用DAVID数据库对靶标进行生物功能和通路分析；利用分子对接软件SYBYL对主要活性成分与其核心靶点进行对接验证。结果：筛选得到八角莲活性成分13个，涉及抗肿瘤靶标88个，通过GO功能注释和KEGG通路分析显示抗肿瘤靶标主要涉及蛋白质自磷酸化、跨膜受体蛋白酪氨酸激酶信号通路、肽基丝氨酸磷酸化、肽基苏氨酸磷酸化等生物学过程，调控粘着斑、PI3K-Akt、胶质瘤、ErbB等信号通路。结论：八角莲抗肿瘤具有多成分、多靶点、多途径的特点，本研究通过网络药理学方法揭示了八角莲抗肿瘤活性成分及作用机制，具有重要指导意义。

传统中药复方药效物质基础及作用机制的网络药理学研究下载：154 浏览：1548

吕晓菲《中国中医药》 2024年8期

摘要:

本文探讨了传统中药复方药效物质基础及作用机制的网络药理学研究，通过构建药物-靶点相互作用网络，分析多组分协同作用和多靶点联合作用，揭示了中药复方的复杂药效机制。尽管面临数据质量、计算模型准确性等挑战，但网络药理学为中药现代化研究提供了新视角，未来有望取得更多成果。

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