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基于线粒体COⅠ基因序列的梭鲈野生群体遗传结构 下载：66 浏览：460

鲁翠云 孙志鹏 曹顶臣 耿龙武 那荣滨 吴学工 郑先虎 《水产研究进展》 2024年2期

摘要:
为了解梭鲈种群的遗传结构，实验利用线粒体细胞色素c氧化酶Ⅰ亚基（COⅠ）基因部分序列分析了中国6个和中亚2个群体的遗传差异，并与欧洲群体的单倍型序列进行了比较。结果在640 bp的COⅠ基因序列中检测到5个变异位点，定义了7种单倍型，发现Hap1为8个梭鲈群体的共享单倍型，且与欧洲群体的HapA相同，在中国群体所占比例（93.36%）高于中亚群体（72.58%）和欧洲群体（53.85%）；Hap2和Hap3是中国群体的特异单倍型，而Hap4～Hap7为中亚群体的特异单倍型。单倍型序列的聚类图和网络图均显示Hap1/A为梭鲈群体的原始单倍型，中国和中亚群体的特异单倍型相对于原始单倍型仅有1～2个位点的变异，属于Hap1/A的亚型，与欧洲群体的特异单倍型具有较大的差异。每个群体检测到1～4种单倍型，斋桑湖（ZS）群体单倍型最多，而中国的腾格里湖（NX）、兴凯湖（XK）和鸭绿江（YJ）群体仅有1个单倍型（Hap1）；塔什干（TS）群体的单倍型多样性（Hd）和核苷酸多样性（π）最高（Hd=0.514±0.069；π=0.000 79±0.000 11），其次是ZS群体，而中国梭鲈群体的多样性参数较低。AMOVA分析结果显示，梭鲈群体间遗传变异占20.74%，群体间遗传分化程度较高(0.15≤Fst=0.207 36<0.25)，TS群体与ZS群体和中国群体间的遗传分化极大(Fst>0.25)，中国群体中仅黑河（HH）群体与其他群体的遗传分化较大，而中国其他5个群体间无遗传分化。基于群体间遗传距离的系统进化树显示，来自中国的6个梭鲈群体与哈萨克斯坦的ZS群体聚为一支，而乌兹别克斯坦的TS群体独立为一支。研究结果为梭鲈群体的繁殖及放流管理提供了参考。

基于线粒体DNA控制区序列的极边扁咽齿鱼群体遗传研究 下载：15 浏览：247

杨濯羽1 杜岩岩1 卡伟1 焦文龙1 王太1 张艳萍1 达虎2 《中国水产学报》 2024年5期

摘要:
极边扁咽齿鱼是黄河上游特有的裂腹鱼类，由于人类活动的加剧，使其野生数量急剧下降，近年来通过增殖放流的方式为野生资源量进行补充。为评价增殖放流过程中人工繁育群体对野生群体的种质资源的影响，笔者利用线粒体DNA控制区(D-loop)序列来探究极边扁咽齿鱼野生和养殖的4个群体遗传多样性、遗传分化及遗传结构的差异。研究结果显示，4个群体均表现出了较高的单倍型多样性(0.950±0.011)和较低的核苷酸多样性(0.00987±0.00041),并且野生群体的单倍型数目、单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数均高于人工繁育群体。遗传结构分析结果显示，野生群体与人工繁育群体之间已产生了一定的遗传分化。中性检验表明，2个野生群体可能经历过种群扩张事件。研究结果表明，极边扁咽齿鱼人工繁育群体可能受到亲本数量有限、人工选择等影响，遗传多样性略有降低，有必要定期开展增殖放流效果的评估，并采用科学的人工繁育方法，丰富极边扁咽齿鱼种群的遗传多样性。

利用高通量测序开发的熊本牡蛎微卫星标记评价野生和养殖群体的遗传多样性及通用性 下载：73 浏览：479

黄飘逸1 马海涛2 喻子牛2 张跃环2 高红梅1 彭建军1 《水产研究进展》 2020年5期

摘要:
利用高通量测序的方法，从熊本牡蛎基因组中开发了20对具有多态性的微卫星标记，通过微卫星标记位点比较了野生群体和养殖群体的遗传多样性。野生群体中，所有位点共扩增出330个等位基因，等位基因数（Na）范围为6～39，平均等位基因数为16.500 0；有效等位基因数（Ne）范围为1.352 9～33.361 7，平均值9.517 2；观测杂合度（H_o）范围为0.200 0～1.000 0，平均值0.671 5；期望杂合度（He）范围为0.265 6～0.987 7，平均值0.832 1；ShannonWeiner指数（Ⅰ）范围为0.648 3～3.585 8，平均值2.276 9；多态信息含量（PIC）范围为0.254 5～0.969 2，平均值0.803 5，共有16个位点符合Hardy-Weinberg平衡。养殖群体中，Na平均值为10.250 0，Ne平均值为5.843 4，H_o平均值为0.639 1，He平均值为0.763 6，I平均值为1.791 4，PIC平均值为0.720 7。结果显示，熊本牡蛎养殖群体的遗传多样性低于野生群体，但仍然维持在高度多态水平。研究表明，在熊本牡蛎人工繁育过程中，使用大数量的亲本进行繁育，可有效防止选育群体的遗传多样性降低，但人工选育对选育群体的遗传多样性也产生了一定的影响。另外，分析了这些引物在近缘种葡萄牙牡蛎、长牡蛎、香港牡蛎、有明牡蛎、僧帽牡蛎、咬齿牡蛎以及舌骨牡蛎中的通用性情况，发现XB1-6、XB1-39和XB1-45 3个位点在8个物种中均能扩增出目的条带，XB1-41仅能在熊本牡蛎中扩增出目的条带。

基于线粒体16S rRNA基因序列的中日朝菲律宾蛤仔野生群体遗传多样性分析 下载：61 浏览：389

谭月1 邱明1 李金龙1 左陆雅1 吴婉婷1 霍忠明1,2 闫喜武1,2 《中国水产学报》 2021年1期

摘要:
为了解中国菲律宾蛤仔Ruditapes philippinarum野生苗种产区的群体和潜在可作修复用途的日本、朝鲜群体的种质遗传基础,以中国山东莱州（LZ）、广西北海（BH）、辽宁营口（YK）、天津（TJ）4个野生群体,以及日本北海道（JH）和朝鲜新义州（NKS）野生群体（各10个）为材料,通过线粒体16S rRNA基因片段扩增测序,比较了各群体的遗传结构和遗传多样性。结果表明:菲律宾蛤仔16S rRNA序列扩增片段为535bp,基因片段的T、C、A、G含量分别为33.3%、10.9%、33.8%和22.0%,A+T含量为67.1%,60个个体共确定了20个单倍型,不同个体间存在单倍型共享现象;6个群体的单倍型多样性（Hd）为0.378～0.911,核苷酸多样性（Pi）为0.000 75～0.010 60,核苷酸差异数（K）为0.400～5.578;菲律宾蛤仔中国天津、营口、莱州及北海4个群体具有较丰富的遗传多样性,朝鲜新义州和日本北海道群体遗传多样性（Hd<0.5,Pi<0.005）较低。研究表明,中日朝菲律宾蛤仔野生群体可划分为南、北方谱系,即北海群体为南方谱系,其他5个群体为北方谱系,中国北方的3个群体（营口、天津和莱州）及日本、朝鲜群体间存在距离隔离模式基因流,中国人工异地移养菲律宾蛤仔活动对本地野生群体基因资源产生一定影响,本研究结果可为菲律宾蛤仔种质资源保护和可持续利用提供参考。

基于新开发微卫星标记评价番红砗磲两个野生群体的遗传多样性及近缘种通用性检测 下载：82 浏览：497

高红梅1 马海涛2 喻子牛2 张跃环2 肖述2 黄飘逸1 彭建军1 《水产研究进展》 2020年5期

摘要:
采用磁珠富集和PCR筛选相结合的方法，得到番红砗磲的19个多态性微卫星标记。利用新开发微卫星标记对西沙群岛2个野生群体的遗传多样性进行比较分析，七连屿海域野生群体和永兴岛海域野生群体的平均观测等位基因数(Na)分别为11.105、11.895，平均有效等位基因数(Ne)分别为6.274、6.173，平均期望杂合度(He)分别为0.776、0.788，平均多态性信息含量分别为0.730、0.744，发现2个野生群体的遗传多样性都处于高度多态水平，说明其有效群体大小仍然保持在较高水平。Bonferroni校正后，在2个群体中各有4个位点偏离Hardy-Weinberg平衡。另外分析了这些引物在近缘种中的通用性情况，发现鳞砗磲中有7对微卫星引物具有通用性，6对具有多态性；无鳞砗磲中有3对微卫星引物具有通用性，1对具有多态性；诺瓦砗磲中有5对微卫星引物具有通用性，5对具有多态性；长砗磲中有9对微卫星引物具有通用性，8对具有多态性；砗蚝中有2对引物具有通用性，2对具有多态性。
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